moderní systém založený především na výsledcích molekulárně fylogenetických analýz- pracuje pouze s monofyletickými taxony (jedině takové v přírodě opravdu existují nehledě na vůli badatelů)
- při členění organismů do skupin nejsou těmto skupinám přiřazovány tradiční systematické kategorie (např. kmen, oddělení, řád apod.)
- nové znaky použité pro klasifikaci organismů:
- podobnost sekvencí nukleotidů v nukleových kyselinách či aminokyselin v proteinech
- znaky na úrovni buněčné ultrastruktury (umožněno díky rozvoji elektronové mikroskopie)
- nejvyšší jednotkou nejsou říše, ale tzv. superskupiny (z angl. supergroups), která často nemají česká jména
- v současné době rozeznáváno 5 superskupin:
- Opisthokonta
- Amoebozoa
- SAR
- Archaeplastida
- Excavata
OPISTHOKONTA
- přítomnost jednoho tlačného bičíku (např. spermie živočichů) × některé skupiny ho druhotně postrádají (většina hub)
- živočichové (Animalia), houby (Fungi), trubénky (Choanoflagellata), parazitické plísňovky (Ichthyosporea), volně žijící nukleárie (améby skupiny Nucleariida)
- monofylie skupiny dobře podpořena molekulárně
AMOEBOZOA
- amébovité organismy s širokými nebo prstovitými panožkami (pseudopodiemi), které využívají k pohybu a příjmu potravy
- zástupci s bičíkem i bez bičíku (silné společné znaky je ještě třeba dohledat)
- „klasické“ měňavky (Amoeba), hlenky (Dictyostelium), archaméby (Mastigamoeba, Entamoeba)
- monofylie skupiny dobře podpořena molekulárně
ARCHAEPLASTIDA
- skupina někdy označována také jako Plantae, což však není vhodné (tradiční chápání Plantae = zelené rostliny a řasy)
- organismy s primárním plastidem (jejich předkem kdysi pohlcená prokaryotická sinice – primární endosymbióza)
- glaukofyta (Glaucophyta), ruduchy (Rhodophyta), zelené rostliny a řasy (Viridiplantae)
- monofylie skupiny molekulárně podpořena
CHROMISTA, resp. SAR
- skupina založena v roce 1981 Thomasem Cavalierem-Smithem definována dvěma znaky:
- plastid s chlorofylem c (původ v sekundární endosymbióze) obalený čtyřmi membránami, z nichž vnější je kontinuální s endoplazmatickým retikulem
- mastigonemata („chloupky“) na bičíku
- Chromista původně zahrnovala skupiny: stramenopilové (Stramenopiles), skrytěnky (Cryptophyta), haptofyty (Haptophyta), pak se ukázalo, že jsou jim příbuzná Alveolata: výtrusovci (Apicomplexa), obrněnky (Dinoflagellata), nálevníci (Ciliata) – proto se lze někdy setkat s označením Chromalveolata
- nyní je však již jasné, že monofyletická skupina sdružující všechny organismy nesoucí sekundární plastid vzniklý pohlcením ruduchy neexistuje (tzn. Chromista/Chromalveolata nejsou platné taxony!)
- v roce 2012 byla vytvořena monofyletická superskupina SAR zahrnující skupiny Stramenopiles (hnědé řasy, rozsivky, různobrvky, zlativky, řasovky, opalinky aj.), Alveolata (výtrusovci, obrněnky, nálevníci) a Rhizaria (dírkonošci, mřížovci, cerkozoa)
EXCAVATA
- přítomnost břišního (ventrálního) žlábku, kterým prochází bičík, a s ním související cytoskeletální struktury × není přítomno u všech (druhotné ztráty či redukce)
- původně považování na velmi bazální skupinu eukaryot, poté se ale přišlo na to, že je to pouze artefakt
- Euglenozoa (krásnoočka, trypanosomy, leishmanie), Heterolobosea (Naegleria), Jakobida, Metamonada (diplomonády, trichomonády aj.) + izolovaný rod Malawimonas
- patrně jde o skupinu, kde leží kořen eukaryot, tj. napojení na prokaryotickou doménu (exkaváti = základní evoluční stupeň, ze kterého vyšly ostatní eukaryotické skupiny)
INCERTAE SEDIS („nejasného zařazení“)
- i přes veškeré úsilí vědců stále existují již objevené, ale do systému doposud nezařazené organismy, u nichž se za použití molekulárních ani morfologických metod nepodařilo jednoznačně prokázat jejich příbuznost k některé ze skupin
- mezi tyto skupiny nejasného zařazení (incertae sedis) paří například skrytěnky nebo centrohelidní slunivky