Hlavní přírodní zajímavostí na Kupsově skále je výskyt lýkovce jedovatého (Daphne mezereum). Tento časně zjara kvetoucí keř se pěstuje v zahradách, ale ve volné přírodě je stále vzácnější. Je velmi jedovatý, zejména červené plody. Na Kupsově skále se nachází regionálně významná populace lýkovce. V roce 2006 odkoupil značnou část Kupsovy skály Český svaz ochránců přírody. Tento krok byl učiněn pro zajištění odpovídajícího lesního hospodaření, které je přizpůsobeno ochraně lýkovce. Na koupi byly použity prostředky ze sbírky „Místo pro přírodu“, kde jsou shromažďovány prostředky na výkup ohrožených přírodovědně cenných lokalit. Na lokalitě nyní hospodaří Český svaz ochránců přírody Vlašim v rámci programu „Pozemkový spolek pro přírodu a památky Podblanicka“.